Mientras Huss estuvo encerrado, el Concilio actuó como inquisición. Condenaron las doctrinas de Wickliffe, e incluso ordenaron que sus restos fueran exhumados y quemados, órdenes que fueron estrictamente cumplidas. Mientras tanto, la nobleza de Bohemia y Polonia intercedió intensamente por Huss, y prevalecieron hasta el punto de que se impidió que fuera condenado sin ser oído, cosa que había sido la intención de los comisionados designados para juzgarle.

Cuando le hicieron comparecer delante del Concilio, se le leyeron los artículos redactados contra él; eran alrededor de unos cuarenta, mayormente extraídos de sus escritos.

La respuesta de Juan Huss fue: "Apelé al Papa, y muerto él, y no habiendo quedado decidida mi causa, apelé asimismo a su sucesor Juan XXIII, y no pudiendo lograr mis abogados que me admitiera en su presencia para defender mi causa, apelé al sumo juez, Cristo".

Habiendo dicho Huss estas cosas, se le preguntó si había recibido la absolución del Papa o no. Él respondió: "No". Luego, cuando se le preguntó si era legítimo que apelara a Cristo, Juan Huss respondió: "En verdad que afirmo aquí delante de todos vosotros que no hay apelación más justa ni más eficaz que la que se hace a Cristo, por cuanto la ley determina que apelar no es otra cosa que cuando ha habido la comisión de un mal por parte de un juez inferior, se implora y pide ayuda de manos de un Juez superior. ¿Y quién es mayor Juez que Cristo? ¿Quién, digo yo, puede conocer o juzgar la cuestión con mayor justicia o equidad? Pues en Él no hay engaño, ni Él puede ser engañado por nadie; ¿y acaso puede alguien dar mejor ayuda que Él a los pobres y a los oprimidos?" Mientras Juan Huss, con rostro devoto y sobrio, hablaba y pronunciaba estas palabras, estaba siendo ridiculizado y escarnecido por todo el Concilio.

Estas excelentes expresiones fueron consideradas como manifestaciones de traición, y tendieron a inflamar a sus adversarios. Por ello, los obispos designados por el Concilio le privaron de sus hábitos sacerdotales, lo degradaron, le pusieron una mitra de papel en la cabeza con demonios pintados en ella, con esta expresión: "Cabecilla de herejes". Al ver esto, él dijo: "Mi Señor Jesucristo, por mi causa, llevó una corona de espinas. ¿Por qué no debería yo, entonces, llevar esta ligera corona, por ignominiosa que sea? En verdad que la llevaré, y de buena gana". Cuando se la pusieron en su cabeza, el obispo le dijo: "Ahora encomendamos tu alma al demonio". "¡Pero yo", dijo Juan Huss, levantando sus ojos al cielo ",la encomiendo en tus manos, oh Señor Jesucristo! Mi espíritu que Tú has redimido".

Cuando lo ataron a la estaca con la cadena, dijo, con rostro sonriente: "Mi Señor Jesús fue atado con una cadena más dura que ésta por mi causa; ¿por qué debería avergonzarme de ésta tan oxidada? "

Cuando le apilaron la leña hasta el cuello, el duque de Baviera estuvo muy solícito con él deseándole que se retractara. "No", le dijo Huss, "nunca he predicado ninguna doctrina con malas tendencias, y lo que he enseñado con mis labios lo sellaré ahora con mi sangre". Luego le dijo al verdugo: "Vas a asar un ganso (siendo que Huss significa ganso en lengua bohemia), pero dentro de un siglo te encontrarás con un cisne que no podrás ni asar ni hervir". Si dijo una profecía, debía referirse a Martín Lutero, que apareció al cabo de unos cien años, y en cuyo escudo de armas figuraba un cisne.

Finalmente aplicaron el fuego a la leña, y entonces nuestro mártir cantó un himno con voz tan fuerte y alegre que fue oído a través del crepitar de la leña y del fragor de la multitud. Finalmente, su voz fue acallada por la fuerza de las llamas, que pronto pusieron fin a su existencia.

Entonces, con gran diligencia, reuniendo las cenizas las echaron al río Rhin, para que no quedara el más mínimo resto de aquel hombre sobre la tierra, cuya memoria, sin embargo, no podrá quedar abolida de las mentes de los piadosos, ni por fuego, ni por agua, ni por tormento alguno.